استفاده از آنالیز به روش (Single Nucleotide Polymorphism (SNP به عنوان یک راهبرد بررسی ژنتیکی در مطالعات پاراتوبرکولوزیس در ایران

Authors

اسماعیل اصلی دلفانی دپارتمان میکروبیولوژی، دانشکده علوم، واحد کرج، دانشگاه آزاد اسلامی، کرج، ایران و موسسه تحقیقات واکسن و سرم سازی رازی،سازمان تحقیقات، ترویج و آموزش کشاورزی، کرج، ایران

محمد جانمحمدلو دپارتمان میکروبیولوژی، دانشکده علوم، واحد کرج، دانشگاه آزاد اسلامی، کرج، ایران

کیوان تدین موسسه تحقیقات واکسن و سرم سازی رازی،سازمان تحقیقات، ترویج و آموزش کشاورزی، کرج، ایران

Abstract:

ژنوتایپینگ مایکوباکتریوم ایویوم زیرگونه پاراتوبرکولوزیس (MAP) حتی با وجود دسترسی به تکنیک‌های مولکولی متعارفی نظیر PFGE, RFLP, SSR and MIRU-VNTR همچنان به عنوان یک چالش محسوب می‌گردد بدان سبب که این باکتری از نظر ژنتیکی بسیار یکنواخت و همگن می‌باشد. به نظر می‌رسد که در شرایط امروزی پاراتوبرکولوزیس در سراسر ایران انتشار یافته است چرا که گزارشات مربوط به وقوع بیماری در گله‌های گاو گوسفند و بز بصورت فزاینده در هر سال انتشار می‌یابند. میزان اطلاعات موجود از ساختار جمعیت این باکتری در ایران محدود می‌باشد. یافته‌های موجود حاکی از فعالیت جدایه‌های متعلق به تیپ معروف به گاوی می‌باشند و این در حالی است که تاکنون نشانه‌ای از وجود تیپ گوسفندی در ایران یافت نشده است. در این تحقیق یک سیستم ژنوتایپینگ (Single Nucleotide Polymorphism (SNP متشکل از 13 لوکوس و با اتکا به PCR بر روی یک جدایه بومی MAP اجرا گردید. آزمون به گونه‌ای انجام گردید که از یک پروتکل واحد PCR برای همه لوکوس‌ها استفاده شد. محصولات تکثیر DNA به روش Sanger تعیین توالی شدند. نوکلئوتیدهای هدف تعیین و شناسایی گردیدند. این نوکلئوتیدها بطور کامل با نوکلئوتیدهای هم ارز در ژنوم سویه آزمایشگاهی MAP K10 مطابقت داشتند و هویت جدایه ایرانی را به عنوان جدایه تیپ گاوی نشان دادند. ما معتقدیم اگر روش SNP معرفی شده توسط Leao در مقیاس گسترده در ایران بکار گرفته شود امکان دستیابی به دانش جامع‌تر از اتفاقات و جریانات تکاملی که وقوع آنها وضعیت اپیدمیولوژیک امروز پاراتوبرکولوزیس در ایران را شکل داده‌اند، فراهم گردید.

Upgrade to premium to download articles

Already have an account?login

similar resources

Single Nucleotide Polymorphism (SNP) in the Adiponectin Gene and Cardiovascular Disease

Dear Editor, The recent article by Mohammadzadeh et al.[1] on the latest issue of this Journal showed that the T allele +276G/T SNP of ADIPOQ gene is more associated with the increasing risk of coronary artery disease (CAD) in subjects with type 2 diabetes. Adipocytes were described in myocardial tissue of CAD patients and their role recently discussed[2,3]. Susceptibility to CAD by polymorp...

full text

A graphene-based platform for single nucleotide polymorphism (SNP) genotyping.

A facile, rapid, stable and sensitive approach for fluorescent detection of single nucleotide polymorphism (SNP) is designed based on DNA ligase reaction and π-stacking between the graphene and the nucleotide bases. In the presence of perfectly matched DNA, DNA ligase can catalyze the linkage of fluorescein amidite-labeled single-stranded DNA (ssDNA) and a phosphorylated ssDNA, and thus the for...

full text

Hypothesis driven single nucleotide polymorphism search (HyDn-SNP-S).

The advent of complete-genome genotyping across phenotype cohorts has provided a rich source of information for bioinformaticians. However the search for SNPs from this data is generally performed on a study-by-study case without any specific hypothesis of the location for SNPs that are predictive for the phenotype. We have designed a method whereby very large SNP lists (several gigabytes in si...

full text

Publication of stand-alone single nucleotide polymorphism (SNP) discovery data.

In the recent past, several publications have appeared in Drug Metabolism and Disposition that described the results of single nucleotide polymorphism (SNP) discovery projects. The publications were limited to only this aspect of the science and failed to include any studies that extended beyond the discovery phase. No attempt was made to elucidate the possible functional significance of the id...

full text

Single nucleotide polymorphism (SNP) discovery in porcine expressed genes.

High-throughput genotyping of swine populations is a potentially efficient method for establishing animal lineage and identification of loci important to animal health and efficient pork production. Markers were developed based upon single nucleotide polymorphisms (SNPs), which are abundant and amenable to automated genotyping platforms. The focus of this research was SNP discovery in expressed...

full text

تعیین ویژگی‌های ژنتیکی سویه‌های مایکوباکتریوم ایویوم زیر گونه پاراتوبرکولوزیس III & V و 316F با استفاده از یک راهبرد چندگانه

دو سویه غیر بومی (Mycobacterium avium subspecies paratuberculosis (MAP 316F و MAP III & V به مدت نیم قرن در موسسه رازی نگهداری و از آن‌ها برای تهیه پاراتوبرکولین استفاده شده است. به منظور شناسایی خصوصیات ژنتیکی این دو سویه یک استراتژی سه محور تعیین هویت (PCR-IS900, PCR-F57)، تعیین تیپ (PCR-Collins, PCR-gyrA, PCR-gyrB) و تعیین ژنوتیپ (MLVA-Thibault, SSR-Amonsin) به کار گرفته شد. در نتیجه اجرای ا...

full text

My Resources

Save resource for easier access later

Save to my library Already added to my library

{@ msg_add @}

Journal title

دامپزشکی

volume 32 issue 1

pages 48- 54

publication date 2018-12-22

unfollow

{@ msg @}

By following a journal you will be notified via email when a new issue of this journal is published.

Keywords

مایکوباکتریوم ایویوم زیرگونه پاراتوبرکولوزیس SNP جدایه اپیدمیولوژی

Hosted on Doprax cloud platform doprax.com